Bergoglio dejó a finales de 2011 el Episcopado argentino, tras seis años signados por una relación compleja con los gobiernos de Néstor y Cristina Kirchner.
Se reunió por primera vez con la actual Presidenta semanas después de su asunción, en 2007.
El eje del primer enfrentamiento de la iglesia Católica con la Presidenta ocurrió en 2008 cuando, en pleno conflicto con la patronal agropecuaria, Bergoglio le reclamó que tuviera un “gesto de grandeza” que permitiera destrabar la situación.
Luego del voto “no positivo” de Julio Cobos, eligió reunirse con el todavía vicepresidente.
Tras un breve período de calma volvieron los cruces. Bergoglio hizo declaraciones en las que sostuvo que “el peor riesgo es homogeneizar el pensamiento” y llamó a terminar con la “crispación social”.
Bergoglio y Cristina llegaron a uno de los puntos más altos de enfrentamiento en 2011, cuando en el Congreso avanzaba el proyecto de matrimonio entre personas de un mismo sexo.
Tras su sanción, como una intención oficial de no profundizar los roces que el proyecto había encendido, Cristina Frenández ordenó frenar la polémica guía que promovía la interrupción del embarazo, algo que fue interpretado como una “concesión” a la Iglesia.